Do zderzenia doszło około 13:25 na przejeździe kolejowym przy ul. Niegowskiej, w rejonie Lipiec w Gdańsku. Pociąg pasażerski PKP Intercity, kursujący między Zieloną Górą a Gdynią, uderzył w samochód ciężarowy. Według wstępnych ustaleń policji ciężarówka miała wjechać na przejazd podczas opuszczania szlabanów. Dokładne okoliczności zdarzenia są wyjaśniane.
Kierowca ciężarówki był przytomny i został przewieziony do szpitala na dalszą diagnostykę. Kilku pasażerów oraz maszynista zgłosiło drobne urazy lub dolegliwości, ale nie wymagali hospitalizacji. Mimo dużych zniszczeń służby wstępnie wykluczyły obecność osób ciężko rannych. Samochód ciężarowy został poważnie uszkodzony, a pociąg zatrzymał się kilkadziesiąt metrów za przejazdem.
Na miejscu pracowało siedem zastępów gdańskiej straży pożarnej, w tym Specjalistyczna Grupa Ratownictwa Technicznego „Gdańsk”, a także pięć zespołów ratownictwa medycznego, policja i służby PKP. Ruch kolejowy w obu kierunkach wstrzymano. Wybrane pociągi PKP Intercity i Polregio kierowano objazdami, a na odcinku Pruszcz Gdański–Tczew uruchomiono zastępczą komunikację autobusową. Przewoźnicy umożliwili także przejazd części podróżnych innymi pociągami, z honorowaniem biletów.