Wybuch trwał ponad 24 godziny, a 5 września satelity Landsat 8 i Suomi NPP zarejestrowały rozprzestrzeniający się pióropusz gazów oraz chmurę popiołu. Indonezyjska agencja meteorologiczna oceniła, że 6 września pył wulkaniczny sięgał 6 tys. metrów na wschód od wulkanu i 15 tys. metrów na zachód.
Obecność popiołu doprowadziła do tymczasowego zamknięcia ośmiu lotnisk na Jawie i Sumatrze. Zakłócenia objęły niemal 3 tys. lotów, a opad popiołu dotknął zaludnione obszary, zwłaszcza na wschód od Anak Krakatau, w tym Dżakartę i inne części Jawy Zachodniej. Popiół wulkaniczny może podrażniać drogi oddechowe, oczy i skórę.
6 września ciągła eksplozywna faza osłabła, ale wulkan nadal wydawał odgłosy. Aktywność wróciła do typowego dla Anak Krakatau wzorca erupcji strombolijskich, czyli okresowych wyrzutów popiołu i materiału wulkanicznego. Lotniska wznowiły działalność do 8 września, jednak wulkan pozostał na drugim najwyższym poziomie alertu obowiązującym w Indonezji od początku lipca.